La Biblioteca se creó con la fundación del Convento de capuchinos de Extramuros de Pamplona en 1606. Ya desde sus inicios fue la biblioteca del convento y del estudio de teología, hasta la exclaustración de 1834. A partir de 1679, cuando los conventos situados en el antiguo reino de Navarra se constituyeron en Provincia religiosa capuchina, la biblioteca pasó a tener un carácter provincial. Tras la exclaustración del siglo XIX, en 1879-1880 se restauró el convento, llegando a ser pronto casa de estudios (sobre todo de teología), por lo que uno de los primeros objetivos fue recomponer la biblioteca con los fondos que había poseído antes, y que se conservaron en buena parte en casas de bienhechores y familiares de los religiosos. También en los años cuarenta del siglo XX la Diputación Foral de Navarra, a petición del ministro provincial de capuchinos, devolvió parte de los fondos librarios que habían pertenecido a la biblioteca antes de que se produjerala exclaustración y la desamortización de los bienes de las órdenes religiosas, denominados de manos muertas. Contó además, con donaciones particulares que enriquecieron la biblioteca notablemente, como fue la de José Alsina, que aportó sobre todo ricos fondos literarios y de derecho. Más tarde, la Curia Provincial de la provincia de Navarra-Aragón (desde 1907 Navarra-Cantabria-Aragón) fue instalada en este convento el 31 de mayo de 1900, lo que hizo que la biblioteca recuperara su carácter provincial.
La Biblioteca, a lo largo de las últimas décadas, ha ido acogiendo importantes fondos llegados de otros conventos, colegios y seminarios, particularmente del Colegio de Lecároz, cuya biblioteca se ha incorporado íntegramente a la ya, voluminosa, existente en Pamplona. Cabe reseñar además la llegada de fondos de los conventos de Hondarribia (donde estuvo enclavado el estudio de la filosofía), Sangüesa, Alsasua, Estella, Tudela y Zaragoza, así como de algún convento de capuchinas (Gea de Albarracín –Teruel-).
Existe un fondo musical (literatura sobre música) importante, proveniente de las bibliotecas personales de algunos músicos, compositores y musicólogos capuchinos del siglo XX, entre los que sobresalen los padres José Antonio de San Sebastián (Aita Donostia), Jorge de Riezu y Dionisio Preciado Ruiz de Alegría (Pío de Salvatierra).
